Τα αρμόδια Όργανα για την ίδρυση, διοίκηση, οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 31 του ν. 4485/2017, στο οποίο περιγράφονται και οι αρμοδιότητες τους αντίστοιχα είναι:
- Η Σύγκλητος του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης (ΔΠΘ)
- Η Συνέλευση του ΤΕΦΑΑ – ΔΠΘ
- Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ. που απαρτίζεται από πέντε (5) μέλη Δ.Ε.Π. του ΤΕΦΑΑ – ΔΠΘ
- Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών του Δ.Π.Θ.
- Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ.
